Besonders bei der Treibnetzfischerei werden viele nicht als verkaufsfähige geltende, nicht benötigte und dennoch getötete Tiere gefangen. Solcher Beifang wird meist wieder über Bord gegeben oder zu Fischmehl verarbeitet. Auch Säugetiere wie Delfine und kleine Walarten verfangen sich häufig während der Jagd nach Thunfisch in den Netzen und ersticken unter Wasser.
Innerhalb der EU gibt es durch die Gemeinsame Fischereipolitik Vorschriften über die Maschengröße der Fischnetze, die den Jungfischen ein Entkommen ermöglichen sollen, und über Schonzeiten.
Die industriell betriebene Fischerei führt zur Bedrohung des Bestandes für viele Fischarten, so ist der Kabeljau durch Überfischung weltweit akut vom Aussterben bedroht.
Um weitere ökologische Katastrophen zu verhindern, die langfristig auch den wirtschaftlichen Untergang der Fischereiindustrie in vielen Regionen bedeuten würden, werden Fangquoten, d. h. eine festgelegte Menge an Fischen in einem bestimmten Gebiet, festgelegt. Häufig werden diese jedoch aus politischen und wirtschaftlichen Gründen zu hoch angesetzt. Häufig werden diese auch unzureichend kontrollert, so dass mehr gefangen wird, als offiziell verkündigt wird.
Mit dem MSC-Siegel (Marine Stewardship Council) ist seit 1997 ein durchaus kritisiertes Produktkennzeichen vorhanden, das es Verbrauchern ermöglichen soll, Fisch aus nachhaltiger Fischerei zu kaufen.
Von Tierschützern wird häufig kritisiert, dass die Fische beim Fang mit dem Netz qualvoll ersticken, daran ändert auch das MSC-Siegel nichts, da dieser Punkt bei der Vergabe nicht berücksichtigt wird.
Das Loten nach Fischen hat negative Auswirkungen auf Wale und Delphine, die sich mit Schallwellen verständigen und orientieren. Viele sind sehr irritiert von den Frequenzen der Schiffe und stranden dadurch oftmals.
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